No Projeto Recriar - Recomposição Florestal objetiva-se realizar atividades de regeneração florestal em áreas degradadas na Reserva Águas Claras, empregando técnicas de plantio adensado para restauração e implantação de corredores florestais, com espécies nativas da Mata Atlântica. Neste trabalho, a Reserva conta com a parceria do Projeto Capivara, do Instituto Federal Fluminense, da Prefeitura Municipal de Conceição de Macabu e do Consórcio Intermunicipal Lagos São-João.